Zadanie 1. Wybór biomarkerów i projekt panelu
Cel: wytypowanie biomarkerów/modyfikacji kwasów nukleinowych o najwyższej wartości diagnostycznej i prognostycznej w CLL.
- Analiza dotychczasowych wyników i danych wstępnych oraz uzupełniające analizy materiału archiwalnego.
- Ocena przydatności wybranych modyfikacji DNA/RNA jako markerów różnicujących (CLL vs osoby bez CLL; CLL vs MBL/SLL) oraz jako predyktorów ryzyka progresji.
- Zdefiniowanie wstępnej specyfikacji panelu (zakres biomarkerów, materiał biologiczny, wymagania jakościowe).
Zadanie 2. Adaptacja i optymalizacja metod UPLC‑MS/MS
Cel: przeniesienie i dostosowanie opracowanych metod ilościowych UPLC‑MS/MS do warunków rutynowego laboratorium diagnostycznego, z naciskiem na wydajność, powtarzalność i możliwość standaryzacji zgodnej z wymaganiami regulacyjnymi.
- Optymalizacja przygotowania próbek i parametrów rozdziału chromatograficznego oraz detekcji w trybie MRM.
- Opracowanie procedur kalibracji i kontroli jakości (QC) oraz parametrów walidacyjnych (precyzja, dokładność, LOQ/LOD, stabilność).
- Projektowanie workflow z myślą o automatyzacji przygotowania próbek oraz minimalizacji błędów operatora.
Zadanie 3. Cytometria przepływowa – rozwój i standaryzacja procedur
Cel: opracowanie powtarzalnych procedur cytometrii przepływowej, w tym barwień wewnątrzkomórkowych dla modyfikacji kwasów nukleinowych, oraz integracja analizy fluorescencyjnej z oceną obrazową (weryfikacja populacji, eliminacja artefaktów).
- Dobór paneli przeciwciał i parametrów pomiarowych dla oceny fenotypu i klonalności limfocytów B.
- Standaryzacja procedur barwień (w tym etapów wymagających inkubacji w wysokiej temperaturze) z równoległą kontrolą jakości na podstawie obrazowania komórek.
- Definiowanie kryteriów odrzutu agregatów i artefaktów oraz przygotowanie reguł analizy danych (gating i metryki morfometryczne).
Zadanie 4. Automatyzacja przygotowania próbek i standaryzacja workflow
Cel: maksymalna automatyzacja etapów przygotowania próbek (izolacje, barwienia, rozcieńczenia, transfery) oraz zapewnienie pełnej ścieżki audytu procesu.
- Wdrożenie robota Andrew+ jako otwartej platformy automatyzacji (praca na standardowych materiałach zużywalnych różnych producentów).
- Odwzorowanie procedur manualnych w postaci protokołów robotycznych z kontrolą parametrów i powtarzalności.
- Zarządzanie protokołami i dokumentacją wykonania w środowisku OneLab (wersjonowanie, logi, identyfikowalność).
Zadanie 5. Walidacja, testy i przygotowanie do wdrożenia + upowszechnianie
Cel: ocena opracowanych rozwiązań w warunkach laboratoryjnych oraz przygotowanie wyników do upowszechnienia i publikacji.
- Walidacja etapów przedanalitycznych (pobieranie, transport, przechowywanie, stabilność analitów) oraz procedur analitycznych (UPLC‑MS/MS i cytometria).
- Porównanie wartości diagnostycznej/prognostycznej opracowanych rozwiązań z uznanymi czynnikami kliniczno‑molekularnymi (m.in. status IGHV, czynniki cytogenetyczne, mutacje TP53/NOTCH1/SF3B1/XPO1/MYD88).
- Opracowanie algorytmów diagnostycznych i prognostycznych, w tym modeli drzew decyzyjnych wspierających interpretację wyników.
- Upowszechnianie: minimum 6 doniesień konferencyjnych, publikacje (preferencyjnie czasopisma Q1 w formule open access), raporty z realizacji przedsięwzięcia, komunikacja na stronie www i w mediach społecznościowych.