Kierownictwo i kompetencje
Kierownikiem merytorycznym przedsięwzięcia jest dr hab. Daniel Gackowski, prof. UMK (Katedra Biochemii Klinicznej CM UMK) – specjalista w zakresie biochemii DNA/RNA, biomarkerów, epigenetyki nowotworów oraz technik chromatografii i spektrometrii mas. Zespół łączy kompetencje z obszaru biochemii klinicznej, immunologii, hematologii oraz diagnostyki laboratoryjnej.
Jednostki realizujące
- Katedra Biochemii Klinicznej – analityka modyfikacji kwasów nukleinowych, rozwój i walidacja metod UPLC‑MS/MS.
- Katedra Immunologii – cytometria przepływowa, diagnostyka immunofenotypowa, standaryzacja i interpretacja wyników cytometrycznych.
- Katedra Hematologii – kontekst kliniczny, dobór materiału, interpretacja w świetle czynników rokowniczych i aktualnych standardów leczenia.
Skład zespołu
W realizację projektu zaangażowani są pracownice naukowe i pracownicy naukowi i kliniczni CM UMK z Katedr Biochemii Klinicznej i Immunologii oraz studenci kierunków biomedycznych. Zespół obejmuje specjalistów analiz LC‑MS/MS, cytometrii przepływowej, diagnostyki laboratoryjnej, analizy danych oraz wdrożeń (w tym zagadnień regulacyjnych i jakościowych).
Katedra Biochemii Klinicznej
Daniel Gackowski
Jestem diagnostą laboratoryjnym oraz doktorem habilitowanym nauk medycznych. Od wielu lat zajmuję się poszukiwaniem biomarkerów chorób oraz molekularnymi podstawami karcynogenezy. Specjalizuję się w technikach chromatograficznych, w szczególności w połączeniu z tandemową spektrometrią mas. W przedsięwzięciu pełnię funkcję kierownika merytorycznego oraz lidera Zadania 1.
Ryszard Oliński
Jestem specjalistą w zakresie biochemii, biologii medycznej oraz biologii molekularnej. W przedsięwzięciu zajmuję się opracowaniem dowodów eksperymentalnych potwierdzających, że 5-hmUra może być biomarkerem o optymalnym potencjale diagnostycznym i prognostycznym w rozwoju CLL.
Rafał Różalski
Moja aktywność naukowa skupia się na procesach naprawy kwasów nukleinowych i demetylacji DNA. Zajmuję się analizą zmodyfikowanych zasad azotowych i nukleozydów w płynach biologicznych człowieka z wykorzystaniem technik chromatograficznych. W projekcie odpowiadam za automatyzację i adaptację technik analitycznych oraz nadzoruję wykonanie analiz modyfikacji DNA i RNA w moczu.
Marek Foksiński
Tomasz Dziaman
Jestem profesorem Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, biologiem medycznym i biotechnologiem. Specjalizuję się w analizie ekspresji genów oraz identyfikacji mutacji DNA o znaczeniu biologicznym i klinicznym. Moje badania koncentrują się na regulacji epigenetycznej, stabilności genomu oraz mechanizmach kontroli cyklu komórkowego w nowotworach hematologicznych, w szczególności w CLL. W przedsięwzięciu zajmuję się analizą mutacji w genach istotnych dla epigenetyki i przebiegu klinicznego CLL (m.in. SF3B1, TP53, IDH, TET) z wykorzystaniem RT-qPCR oraz metod detekcji mutacji (HRM-PCR, Sanger, NGS).
Agnieszka Siomek-Górecka
W pracy naukowej zajmuję się badaniami nad znaczeniem markerów stresu oksydacyjnego oraz zmian epigenetycznych w rozwoju i patogenezie chorób. W projekcie jestem członkiem zespołu realizującego badania wybranych markerów w moczu.
Karol Białkowski
Od wielu lat moje zainteresowania zawodowe koncentrują się na enzymologii. Prowadzę badania dotyczące enzymów, które zapobiegają wprowadzaniu do DNA uszkodzonych oksydacyjnie nukleotydów o mutagennych i kancerogennych właściwościach. Specjalizuję się w technikach chromatografii cieczowej, elektroforezy oraz analizie aktywności enzymów. Moim zadaniem w ramach projektu jest optymalizacja chromatograficznych oznaczeń zmodyfikowanych nukleozydów w hydrolizatach DNA.
Ewelina Zarakowska
Biotechnolog, specjalista w zakresie technik chromatograficznych i spektrometrii mas, Jestem koordynatorem merytorycznym Zadania 2. W przedsięwzięciu zajmuję się przygotowaniem próbek, optymalizacją metod analitycznych oraz badaniami z wykorzystaniem technik UPLC-MS/MS. Dbam o upowszechnianie wyników projektu w środowisku naukowym i branżowym.
Jolanta Guz
Jestem specjalistką w zakresie biochemii kwasów nukleinowych. Posiadam doświadczenie w technikach separacyjnych oraz biologii molekularnej. W przedsięwzięciu zajmuję się przygotowaniem próbek do analiz UPLC-MS/MS, poszukiwaniem optymalnych biomarkerów oraz upowszechnianiem uzyskanych wyników.
Marta Starczak
Jestem specjalistką w zakresie analiz modyfikacji kwasów nukleinowych z wykorzystaniem UPLC-MS/MS. Moje zainteresowania naukowe koncentrują się na identyfikacji i ilościowej analizie modyfikowanych nukleozydów w DNA i RNA oraz ich znaczeniu w patogenezie nowotworów, ze szczególnym uwzględnieniem nowotworów hematologicznych. W ramach przedsięwzięcia sprawuję opiekę merytoryczną nad Zadaniem 1 oraz nad częścią związaną z analizami UPLC-MS/MS w Zadaniu 4.
Maciej Gawroński
Jestem doktorem nauk medycznych i nauk o zdrowiu oraz biotechnologiem medycznym. Specjalizuję się w badaniach nad epigenetycznymi modyfikacjami kwasów nukleinowych. W przedsięwzięciu jestem liderem Zadania 3 („Opracowanie optymalnych procedur kalibracyjnych i kontrolnych”) oraz zajmuję się robotyzacją i automatyzacją opracowanych metod. Dodatkowo pełnię rolę SCRUM Mastera.
Anna Szpila
Marek Jurgowiak
Adiunkt, biolog molekularny, nagradzany wykładowca akademicki, ceniony i nagradzany popularyzator nauki, autor podręczników i artykułów naukowych i popularno naukowych, vice przewodniczący Rady Programowej CN Młyn Wiedzy w Toruniu i członek Rady Programowej TFNiS, Wiadomości Akademickich oraz Zespołu Redakcyjnego Głos Uczelni, ekspert w zakresie upowszechniania i popularyzacji nauki... W przedsięwzięciu zajmuję się koordynacją i wykonanie zadania: upowszechnianie wyników oraz promocja Projektu Badawczego
Martyna Byzdra
Ukończyłam studia magisterskie na kierunku Biotechnologia. W przedsięwzięciu zajmuję się wstępną obróbką materiału biologicznego, izolacją kwasów nukleinowych oraz archiwizacją i bankowaniem próbek.
Fabian Leśniewski
Jestem specjalistą w zakresie analiz z wykorzystaniem cytometrii przepływowej oraz technik chromatograficznych sprzężonych ze spektrometrią mas. W przedsięwzięciu zajmuję się immunofenotypowaniem leukocytów krwi obwodowej metodą cytometrii przepływowej, co pozwala potwierdzić rozpoznanie CLL u pacjenta.
Paweł Mijewski
Jestem specjalistą w zakresie chromatografii cieczowej z detekcją UV oraz detekcją masową. W przedsięwzięciu zajmuję się głównie optymalizacją chromatograficznej metody UPLC oraz walidacją procesów przedanalitycznych, analitycznych i postanalitycznych.
Patrycja Bagińska
Doktorantka w Katedrze Biochemii Klinicznej, w której bada rolę epigenetycznej pochodnej DNA (5-hydroksymetylouracylu) w rozwoju przewlekłej białaczki limfocytowej. W projekcie zajmuje się analizą cytometryczną i analizą statystyczną danych Poza pracą, hobbystycznie zajmuje się projektowaniem i drukiem 3D.
Katedra Immunologii
Lidia Gackowska
Dr hab. Lidia Gackowska kieruje Katedrą Immunologii CM w Bydgoszczy, UMK w Toruniu oraz jest kierownikiem Zakładu Diagnostyki Laboratoryjnej w Szpitalu Uniwersyteckim nr 2 im. dr J. Biziela w Bydgoszczy. Jest naukowcem, dydaktykiem i diagnostą laboratoryjnym, specjalistką w zakresie laboratoryjnej immunologii medycznej oraz uznaną ekspertką w dziedzinie cytometrii przepływowej, którą aktywnie rozwija, promuje i popularyzuje w Polsce oraz na arenie międzynarodowej. Jej działalność naukowa koncentruje się głównie na immunologii komórkowej oraz wykorzystaniu nowoczesnych metod analizy komórek w diagnostyce i badaniach naukowych. Aktywnie działa w krajowych i międzynarodowych organizacjach naukowych – jest m.in. Wiceprezydentem Baltic Flow Cytometry Society, wolontariuszem ESCCA, członkiem Associated Societies Subcommittee w ISAC, członkiem Państwowej Komisji Egzaminacyjnej z laboratoryjnej immunologii medycznej oraz współpracuje naukowo z Fundacją na rzecz Rozwoju Cytometrii Polskiej FlowPol, wspierając rozwój i popularyzację cytometrii przepływowej. W ramach przedsięwzięcia odpowiada za analizę cytometryczną ekspresji 5-hydroksymetylouracylu w wybranych populacjach leukocytów oraz subpopulacjach limfocytów u pacjentów z CLL, stanowiącą element standaryzacji metod badawczych realizowanych w projekcie.
Małgorzata Wiese‑Szadkowska
Jestem specjalistką z zakresu laboratoryjnej immunologii medycznej z wieloletnim doświadczeniem w wieloparametrycznej cytometrii przepływowej. W ramach przedsięwzięcia zajmuję się analizą cytometryczną oraz analizą obrazową leukocytów krwi obwodowej pacjentów z CLL oraz zdrowych dawców.
Izabela Kubiszewska
Jestem specjalistką w zakresie cytometrii przepływowej. W przedsięwzięciu zajmuję się procedurą fluorescencyjnego barwienia próbek do cytometrii przepływowej.
Anna Helmin‑Basa
Jestem specjalistką w zakresie laboratoryjnej immunologii medycznej i wieloparametrycznej cytometrii przepływowej. W ramach przedsięwzięcia odpowiadam za analizę cytometryczną ekspresji 5-hydroksymetylouracylu w wybranych populacjach leukocytów oraz subpopulacjach limfocytów u pacjentów z CLL.
Agnieszka Mlicka
Jestem diagnostą laboratoryjnym z doświadczeniem w pracy laboratoryjnej obejmującej techniki molekularne i cytometrię przepływową. W ramach przedsięwzięcia zajmuję się analizą cytometryczną oraz analizą obrazową leukocytów krwi obwodowej pacjentów z CLL oraz zdrowych dawców.
Karolina Korczak
Jestem specjalistą w zakresie cytometrii przepływowej. W przedsięwzięciu zajmuję się procedurą fluorescencyjnego barwienia próbek do cytometrii przepływowej.
Klinika Geriatrii
Maciej Woźniak
Klinika Hematologii
Paulina Koszykowska
Jestem lekarzem rezydentką hematologii w Klinice Hematologii Szpitala Uniwersyteckiego nr 2 im. dr J. Biziela w Bydgoszczy. W projekcie zajmuję się rekrutowaniem pacjentów do badania znajdujących się na naszym oddziale.
Olga Demska
Przemysław Sobczak
Łukasz Wodzyński
Katarzyna Mikołajczyk
Studentki/Studenci kierunków biomedycznych
Aleksandra Leszczyńska
Jako uczestniczka projektu badawczego odpowiadam za zapewnienie bezpiecznego transportu próbek w kontrolowanych warunkach, co gwarantuje zachowanie ich stabilności i pełnej użyteczności naukowej. Do moich głównych obowiązków należy przeprowadzenie specjalistycznej obróbki laboratoryjnej dostarczonego materiału odpowiednio przygotowując go do dalszych, zaawansowanych etapów badań. Ponadto, czynnie uczestniczę w pracach analitycznych, w ramach których wykonuję immunofenotypowanie komórek z wykorzystaniem techniki cytometrii przepływowej.
Alicja Kuźma
W przedsięwzięciu zajmuję się obróbką, zabezpieczeniem oraz transportem materiału biologicznego pobranego od pacjentów, a także przygotowaniem próbek do badań z zakresu cytometrii.
Natalia Smuniewska
Zofia Siębor
W przedsięwzięciu odpowiadam za przygotowanie, obróbkę oraz logistykę materiału biologicznego pochodzącego od pacjentów, a także nadzór nad prawidłowymi warunkami jego transportu i przechowywania. Prowadzę również hodowle komórkowe stanowiące podstawę dalszych analiz molekularnych realizowanych w ramach projektu.